L'Aeroporto di Linz, noto anche col nome di aeroporto Blue Danube, si trova non lontano dal centro della città ed è servito da diverse compagnie aeree e da voli charter. Tra le compagnie si annoverano le seguenti: Austrian Airlines, operata dalla Austrian Arrows (Düsseldorf, Graz, Salisburgo, Vienna); Lufthansa (Francoforte) e Lufthansa regionale, opreata dalla Lufthansa CityLine (Francoforte, Monaco); Niki (Corfu, Graz, Heraklion, Ibiza, Kos, Palma de Mallorca, Rhodes, Samos); Ryanair (Girona, London-Stansted). Numerosi anche i voli charter, tra i quali quelli della Aegean Airlines per Rodi, della Koral Blue Airlines per Hurghada, della Nouvelair per Monastir, della Austrian Airlines, operata dalla Lauda Air, per Antalya, Chania, Corfù, Funchal, Hurghada, Karphatos, Kos, Las Palmas, Sharm el Sheik, Tenerife, Thira, Zacinto, e molte altre.